この話題に関して聞かれることが多いのですが、私の考えとしてはモード2をお勧めします。
但し、マルチコプターを全く操作したことがなく、今後も通常のラジコンヘリやラジコン飛行機を操縦する予定がない場合という条件が付きます。

まず、機体の操作の仕方の名称は以下の通りとなります。
スロットル:高度の上下
エルロン:左右の移動
エレベーター:前後の移動
ラダー:左右の回転
機体の操作の仕方

次に、モード1とモード2の違いは次の図のようにエレベーターとスロットルの位置の違いになります。
モード1とモード2の違い

現在、日本のラジコンヘリにおいてはモード1が主流の様で、今後ラジコンヘリも飛ばしてみたいという方については、モード1を選択しておく方が、クラブ等に入り操作指導を仰ぐ場合にも有利と考えられます。
但し、マルチコプターしか操作しないという方については、モード2を選択する方が良いかもしれません。

理由の一つは海外の主流がモード2だからです。マルチコプターは、残念ながら日本ではなく、アメリカや中国といった海外での開発が1歩リードしているのが現状です。その為、既製品として販売されるマルチコプター(いわゆるトイドローン)はモード2の製品が多くなります。もちろん、製品によってはモードを切り替えられるものもありますし、機体を自作するのであれば関係ありません。

もう一つの理由が、モード2の操作方法は直感的に理解しやすいということです。
モード1は、前後の動きを左手で、上下と左右の動きを右手でという風に、右手は2次元と3次元の動きを同時に管理することになります。プロポの扱いに慣れていない人は、ホバリング高さを調整する際に、スティックの左右の入力が少し入ってしまうことがあり、自分の想定していない動きをすることでパニックになる人もいます。(練習当初の私のことです・・・。)
モード2では、2次元の動きとなる前後左右を右手で、3次元の動きとなる上下を左手で操作することになる為、まず、左手で高さを決めてホバリングし、その後、右手で前後左右に機体を移動するという風に、2次元と3次元の動きを左右別々の手で管理することができます。
実際に私の周りの人にシミュレーターで両モードの操作をしてもらったところ、モード1ではうまく操作できない人がいましたが、モード2で操作できない人はいませんでした。

以上が私がモード2をお勧めする理由ですが、どちらのモードも慣れてしまえば出来る事は一緒ですので、どちらのモードも試してみて直感的に操作しやすいと感じた方を利用するのが良いでしょう。